南京同仁堂药业历史悠久，其前身是“北平同仁堂京都乐家老铺南京分号”，自1929年成立至今一直精耕中成药生产经营，是一家以现代科技生产古方传统品种和综合新剂型，集科、工、贸为一体的中药企业。1995年被中华人民共和国内贸部认定为“中华老字号”、2006年被国家商务部认定为全国一批“中华老字号”。南京同仁堂药业虽历经时代变迁，但一直恪守“炮制虽繁，必不敢省人工;品味虽贵，必不敢减物力”之古训，其产品以"配方独特、选料上乘、工艺精湛、疗效显著"而享誉海内外。

同仁堂是由创始人乐显扬于1669年（即康熙八年）在北京创立，因乐显扬医治好康熙帝的身体顽疾，为表谢意，康熙写下“同修仁德，济世养生”，并赐名“同仁堂”，“同仁”语出《易经》，意为：“无论亲疏远近，一视同仁”。

1723年清雍正元年因“同仁堂” 配制的中成药疗效显著而名声大震，并承办宫廷药料（可预领官银，享有御赐特权）。

1926年因国民政府南迁，同仁堂乐氏家族第十三代嫡传乐笃周，受命筹备北京同仁堂南京分号。

1929年北平同仁堂京都乐家老铺南京分号在中华路31号正式开业，南北同仁堂两者同本同源，血脉一支，花开两朵。

1955年：10月，南京市批准南京同仁堂公私合营名称为“公私合营南京同仁堂国药号股份有限公司”。

1956年：8月，“公私合营南京同仁堂国药号股份有限公司”更名“公私合营南京同仁堂制药厂”。

1998年：4月，南京同仁堂制药厂进入南京医药集团，同年11月，南京同仁堂制药厂改制为南京同仁堂药业有限责任公司。

2006年：11月，被商务部认定为一批“中华老字号”企业（1995年被中华人民共和国内贸部认定为“中华老字号”）。

2008年：公司“樂家老铺”注册商标获“江苏省著 名商标”荣誉称号。第二年，该商标又获得荣誉称号。

2013年：南京同仁堂再次起航，营销改革突飞猛进，开启“国药金招牌”复兴的大业。

2016年：投资逾5亿元的新厂区奠基，成为南京同仁堂十年百亿发展战略的重要里程碑。

2021年：2月，南京同仁堂经营管理团队基于“一体两翼”发展战略及布局大健康产业的整体规划成立南京同仁堂健康产业有限公司，经营大健康领域（非药品）的“南京同仁堂”字号、商标以及产品、服务业务。

2022年：9月，南京同仁堂酒业有限责任公司正式注册成立，南京同仁堂酒业推出“乐家玖方”品牌，立足于以消费者价值诉求为出发点，以整合营销思维经营业务，开辟酒业新赛道。

南京同仁堂将酒业作为新增长点，深度布局。公司将聚焦“健康+文化”的行业新主题，不断创新露酒产品，推动品牌长远发展。

“健康产业的外延与细化、健康品类的丰富与迭代，共同驱动着万亿级酒水市场的升级转型。”“露酒在酒基中加入药食同源的提取物，不添加食品添加剂，自带健康属性，市场潜力巨大。”

自成立以来，南京同仁堂酒业已陆续提出“健康露酒”“药食同源”“道地系列”等概念，推出天工造极、乐青荷、九方等系列酒饮，还创新打造了集健康产品、器械销售、养生茶饮等服务于一体的线下药房门店，以四季膳酒搭配、药食同源、时辰养身为开发理念的乐家玖方体验店，倡导健康饮食生活方式。